從輸入端、設備端和網絡端來看，生物門禁控制系統相對于傳統門禁/鎖在系統整體安全性上都有了很大程度的提升。杭州晟元芯片技術有限公司智能事業部總經理郭志分析道，傳統門禁/鎖存在著卡被復制、密碼泄露的安全隱患，同樣對于指紋門禁/鎖也有指紋偽造的風險，但和復制卡及密碼泄露相比，實施難度大大增加。
　　例如在設備端，門禁控制一體機對門禁的控制一般都在門外，主要應用在對安全性的要求一般的場合，如單門的控制上，當一體機被物理破壞后門禁才可能會被打開。而對應的門禁控制器+指紋讀頭的方式，門禁控制器安裝在門內，整體成本及安裝難度雖然有所增加，但安全度相對會高一些。同樣對應指紋鎖，通常也采用MCU+指紋模組的方式，指紋模組用來做生物認證，MCU放在門后來控制鎖控部分，以達到更高的安全級別。
　　隨著近兩年互聯網+的迅速發展，使得聯網型指紋鎖成為了物聯網智能硬件開發的之一，通過Wi-Fi連接云端與用戶APP進行互動，實時了解訪問狀態，實現遠程開鎖等功能的應用越來越多。對此，，這類應用對聯網鎖的安全性要求越來越高，主要的安全隱患包括：A、用戶與聯網鎖的相互認證，防入侵功能;B、數據的安全性問題，包括數據傳輸安全及數據存儲安全兩部分。